Mustafa Erdoğan, 1965 yılında Hakkari’de doğmuştur. Ünlü oyuncu ve yönetmen Yılmaz Erdoğan’ın abisidir. Anadolu Ateşi adlı dans grubunun genel sanat yönetmenliğini yapan Erdoğan, Hacettepe Üniversitesi’nde felsefe, Gazi Üniversitesi’nde kamu yönetimi eğitimi almıştır.

Mustafa Erdoğan, üniversiteye gelmeden önce ve sonrasında halk oyunları ile yakından ilgilenmiştir. Yer aldığı gruplarla birlikte yurtiçi ve yurtdışında gerçekleştirilen festival ve yarışmalarda birçok ödül almıştır.

2004’te şarkıcı Gülben Ergen ile evlenmiş ve bu evlilikten 3 erkek çocuğu bulunmaktadır. Çift, 2012 yılında boşanmıştır.